沉默的真相根据紫金陈的小说《长夜难明》改编，讲述了检察官江阳历经多年，付出无数代价查清案件真相的故事。

同学李静的拜访打破了江阳原本平静的生活，她的前男友侯贵平就在两年前支教的山区，“强奸妇女，畏罪跳水自杀”。可是死者的胃里只有150ml积水，完全不符合“落水溺毙”的特征。在吴爱可的强力支持下，年轻的检察官江阳开始着手调查，在平康县公安局却被大队长李建国来了个下马威。后来江阳找到这个案件的法医陈明章，从他手里拿到了侯贵平的尸检报告，才了解背后不为人知的秘密。张晓倩收到神秘人寄来的第二张照片，立刻交到专案组，从拼图来看像是在夜晚偷拍，是“丽景酒店”的外景。警方派人取回了三封匿名信件，从信封上只提取到了女记者张晓倩和她同事的指纹，通过邮戳回查，发现都是从一个小巷的邮筒寄出，没有监控录像可查。大队长任玥婷带手下前去蹲点。当晚，她意外发现，另一股势力也介入此案，同样在搜寻这个寄匿名信的人。

由于侯贵平案没有新的证据，平康县检察院不予立案，丁检察长个人支持江阳继续查下去。严良再访李静，李静把侯贵平案的原委告诉了他。十年前，侯贵平到苗高乡支教，那时候他还是李静的男友。一天傍晚，侯贵平亲眼目睹了当地工厂女工翁美香被当地流氓岳军带走，第二日翁美香就被发现晕倒在女厕所，经检查服用了敌敌畏，抢救无效死亡。在读过翁美香的日记后，侯贵平得知她的自杀另有隐情，当即去平康县公安局报警。李静拜访侯贵平，两人亲热时，岳军闯入，原来他得知了侯贵平报警之事，两人一番打斗，引来不少村民围观。侯贵平不得不私下调查这起案件，侯贵平在日历上圈出“10月25号”这个日期，他照了照镜子里的自己，出了宿舍门。

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